फाइल सिस्टम हार्ड डिस्क में डेटा को रीड तथा राइट करने के तरीके को हैंडल करती है. फाइल सिस्टम को आपरेटिंग सिस्टम के साथ कम्प्यूटर में इन्स्टॉल किया जाता है। आपरेटिंग सिस्टम्स जैसे विंडोज तथा लिनक्स में उनका अपना फाइल सिस्टम होता है. न्यू टेक्नोलॉजी फाइल सिस्टम (NTFS) विंडोज फाइल सिस्टम है। एक्सटेंडेड फाइल सिस्टम (Ext) लिनक्स फाइल सिस्टम है। एक फाइल जैसे कि टेक्स्ट फाइल हार्ड डिस्क में डेटा स्टोर करने के लिए फाइल सिस्टम से होकर गुजरती है। इसी प्रकार, फाइल को फाइल सिस्टम द्वारा ही रीड किया जाता है। इसलिए, इसमें डेटा इन्कन्सिस्टेन्सी अधिक होती है। साधारण तौर पर, फाइल सिस्टम में डेटा रिडन्डेन्सी की संभावना होती है क्योंकि इसमें डुप्लिकेट डेटा हो सकता है। इस प्रकार, एक फाइल सिस्टम को हैंडल करना सरल होता है, लेकिन इसकी कुछ हानियाँ होती हैं, जैसे कि डेटा रिडन्डेन्सी, डेटा इन्कन्सिस्टेन्सी तथा कम सिक्योरिटी।
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